В мире аниме «Полифоника», люди и духи живут в гармонии, объединенные магией божественной музыки, которую способны исполнять только дэнтисты. Этот мир является театрами для истории Форона Татары, молодого человека, который начинает свое обучение в престижной Академии Божественной Музыки.
События сериала охватывают студенческие годы Форона, где он учится понимать и взаимодействовать с Кортикарте, своим наставником и другом. Этот период становления их отношений является ключевым в развитии сюжета, показывая, как музыка способствует их духовному росту и взаимопониманию.
Однако мир Полифоники не лишен конфликтов. В сериале также изображаются налеты террористов на различные города, что вносит элементы драмы и опасности. Эти события ставят под угрозу мирное сосуществование людей и духов, заставляя героев сериала противостоять этому всемирному злу и защищать свою цивилизацию.