Лиричная волшебница Наноха

История вращается вокруг девятилетней Нанохи Такамачи, которая живет вместе со своими родителями, старшим братом и сестрой. Ее обычная жизнь кардинально меняется, когда она спасает раненого говорящего горностая, который оказывается магом по имени Юно Скрая.

Юно, археолог из параллельного мира, прибыл на Землю, чтобы собрать двадцать одно "Драгоценное Семя" - древние и опасные артефакты, которые он впервые обнаружил в своем мире. Эти Семена даруют живым существам сверхъестественные силы, часто превращая их в монстров. После того как Юно был ранен одним из таких монстров, он вынужден полагаться на помощь Нанохи, которая ухаживает за ним в его горностаиной форме. В благодарность он дарит ей "Интеллектуальное устройство" - волшебную палочку "Raising Heart", и Наноха неожиданно проявляет выдающиеся способности к магии.

Так начинается их совместная борьба с монстрами и поиск Драгоценных Семян, не подозревая, что за этими артефактами охотятся и другие...